Perpustakaan PP. Annuqayah Lubangsa Putri berdiri pada tahun 1994 yang dikelola oleh Siti Khadijah Hidayat beserta seluruh anggota kepengurusannya. Dengan segala daya dan upaya, Ketua pertama Perpustakaan PP. Annuqayah Lubangsa Putri (The First Leader of Lubri’s library) itu memulai dengan sosialisasi didirikannya ruang baca khusus untuk teman-teman santri yang memiliki minat baca yang tinggi. Tujuan didirikannya Perpustakaan PP. Annuqayah Lubangsa Putri, tak lain adalah untuk memperluas wawasan dan meningkatkan kualitas santri PP. Annuqayah Lubangsa Putri.
Pada periode berikutnya, Perpustakaan PP. Annuqayah Lubangsa Putri diamanahkan kepada Suparni beserta anggota kepengurusannya. Periode kedua inilah Perpustakaan PP. Annuqayah Lubangsa Putri mulai membangun relasi dengan Perpustakaan-Perpustakaan lain yang masih berada dalam ruang lingkup pondok pesantren Annuqayah. Sehingga, nama Perpustakaan PP. Annuqayah Lubangsa Putri tidak lagi menjadi hal yang asing di telinga Pustakawan Annuqayah. Hal pertama yang dilakukan oleh Suparni adalah dengan melakukan barter buku dengan Perpustakaan- Perpustakaan tersebut, dan di bawah pimpinan Suparni pula, Perpustakaan PP. Annuqayah Lubangsa Putri melakukan kerjasama dengan Perpustakaan Daerah (Perpusda) kabupaten Sumenep.
Untuk menambah koleksi bahan pustaka, berbagai penerbit dikirimi proposal permohonan buku, karena melihat jumlah santri yang banyak dan minat baca yang tinggi tidak seimbang dengan jumlah bahan pustaka di Perpustakaan PP. Annuqayah Lubangsa Putri. Suparni menjabat sebagai ketua tidak hanya satu tahun sebagaimana kepengurusan sebelumnya. Selama beberapa tahun Perpustakaan PP. Annuqayah Lubangsa Putri mengalami kemajuan. Jabatan kepengurusan dilanjutkan oleh Misnatun, Indah Nur Amalia, Nur Hidayati, Musyarrafah, Shabihah, Uswatun Hasanah, Wasilah, kemudian di tahun 2013-2014 hingga 2014-2015 dijabat oleh Faizatin dan di tahun 2015-2016 dijabat oleh Fitriyaningsih dan pada periode 2016-2017 pimpinan umum (Ketua) Perpustakaan PP. Annuqayah Lubangsa Putri adalah Nur Fadiah Anisah.
Demi menciptakan pelayanan yang kondusif pada setiap taman baca, periode 2015-2016 Perpustakaan Lubangsa Putri mengubah format ruangan, yakni dengan mengkategorikan dua ruangan Perpustakaan menjadi Perpustakaan Fiksi dan non Fiksi. Namun, walaupun Perpustakaan PP. Annuqayah Lubangsa putri terpisah dan telah dikategorikan menjadi dua, kepengurusan Perpustakaan tetap berada dalam satu komando ketua Perpustakaan. Perpustakaan juga memiliki impian besar untuk bisa terus lebih baik lagi demi melahirkan generasi cendekiawan“For Better Future”.
Untuk menambah ketertarikan santri akan dunia literasi, pada periode 2015-2016 tidak hanya menfokuskan pengembangan Perpustakaan melalui taman baca, melainkan juga dengan berbagai kegiatan yang dapat menarik minat baca santri, dengan diadakannya Komunitas Cinta Buku (KCB). Komunitas ini diiisi denga berbagai kegiatan seperti diskusi buku, resensi buku dan kegiatan lain, bahkan dari komunitas inilah kemudian Perpustakaan dapat menerbitkan selebaran KCB.
Visi dan Misi
Visi
Membumikan Perpustakaan melalui santri membaca dan menulis.
Misi
Mengembangkan koleksi Perpustakaan.
Menumbuh kembangkan minat baca dan bakat menulis santri.
Mengembangkan infrastuktur Perpustakaan melalui peningkatan sarana dan prasarana, mutu, dan kompetensi Sumber Daya Manusia (SDM) Perpustakaan.