Seluruh daerah yang berada di bawah naungan Pondok Pesantren Annuqayah, termasuk daerah Lubangsa menggunakan 1 lambang, yakni lambang Annuqayah secara umum. Perbedaannya hanya terdapat pada kop saja, sehingga hanya menambah kata “daerah Lubangsa” pada kop tersebut. Hal ini mengisyaratkan bahwa antar daerah merupakan satu-kesatuan yang tidak bisa dipisahkan sebagai pondok pesantren Annuqayah, meskipun dalam setiap daerah mempunyai pengasuh, pengurus, dan kebijakan masing-masing. Hanya saja, kebijakan tersebut bertitik tolak dari kebijakan Annuqayah secara umum yang dikeluarkan oleh Dewan Masyayikh Annuqayah.
Logo di atas mempunyai filosofi sebagai berikut:
- Masjid: menunjukkan persatuan dan kesatuan;
- 8 buah jendela masjid: 4 buah di atas menunjukkan jumlah Khulafa ar-Rasyidin (Abu Bakar as-Shiddiq, Umar bin Khattab, Utsman bin Affan, dan Ali bin Abi Thalib), sedagkan 4 buah di bawah menunjukkan madzhab Imam yang empat (Imam Ahmad bin Hanbal, Imam Malik, Imam Syafi’i, dan Imam Hanafi);
- Sembilan lengkungan langit: melambangkan jumlah Wali Songo sebagai penyebar Islam di Nusantara, yang berhaluan Ahlusunnah wa al-Jamaah.
- Teplok dengan sumbu berlafal “ALLAH”: melambangkan cita-cita dan keberanian yang berlandaskan keimanan dan ketakwaan;
- Empat buah kitab: 1 kitab yang terbuka melambangkan al-Qur’an sebagai sumber pokok ajaran Islam, dan 3 kitab yang berdiri tegak menunjukkan Hadits, Ijma’, dan Qiyas sebagai landasan hukum Islam;
- Angka 1887: merupakan tahun berdirinya Pondok Pesantren Annuqayah;
- Warna kuning yang menjadi background kitab: melambangkan kesabaran;
- Warna hijau di kubah masjid: melambangkan kebersihan;
- Warna biru di sekeliling kubah (langit): melambangkan cita-cita dan harapan;
- Warna putih: melambangkan kesucian;
- Warna hitam: melambangkan keteguhan.